Opresat fiind de regimul aflat la putere în anii 1938-1940, pãrãseste cu multã durere turma binecuvântatã si se stabileste, în final, în Suedia, unde si în prezent, la vârsta de 95 de ani, slujeste lui Dumnezeu. Cu aceeasi demnitate crestinã îi succede în slujbã fr.Elek János, care a pãstorit biserica într-o perioadã grea a istoriei patriei (al II-lea Rãzboi Mondial si instaurarea regimului comunist în România). În toatã aceastã perioadã de început a bisericii, adunarea credinciosilor s-a închinat lui Dumnezeu în diferite cartiere ale orasului (str. Clemenceanu nr.54, str. Dâmbovita, str. Dreptatea, str. Malinovski nr.18 – actuala Mangalia). Nu exista un locas de închinare stabil.
Cel care a reusit, cu ajutorul lui Dumnezeu, sã opreascã peregrinarea credinciosilor a fost fr. Botkovski Stefan, în anul 1950. De atunci si pânã în anul 1991 adunarea s-a reunit pe str. Mangalia nr.18, bucurându-se împreunã atât maghiari, cât si români, evrei si germani. În acest rãstimp au slujit cu dãruire frati precum: Szilágyi Mihálj, Leontiuc Constantin, Damianov Andrei, Nagy Ánton, Húszák Wiliám si Clim Gheorghe, ca din anul 1990 si pânã în prezent sã pãstoreascã fr. Petca Ion.
O dorintã mai veche a bisericii a fost împlinitã în anul 1991, când s-a intrat în posesia propriei locatii, situatã pe str. Prislop nr.15, unde în anul 1993 (15 aprilie) s-au demarat lucrãrile de constructie ale edificiului Bisericii „Apele Vii”. Lucrarea a fost finalizatã în luna decembrie a anului 1996.